药店的财务是建立在药店资产的所有权和经营权统一的基础上的。药店通过动用财务手段对各个部门的商品进、销、存的每一个结算环节进行监督、检查和控制，充分动用销售时点管理系统和管理信息系统对企业的经济效益进行分析，判断出哪些是企业的长期效益和稳定效益，哪些是企业的短期效益和虚假效益，哪些是降低成本、减少费用的因素，哪些是增加利润、提高效率和效益的手段。从而为决策层提供及时、准确、务实的财务分析，达到依法自主理财、约束企业经营行为、管理企业各项经济活动的目的。不同类型的连锁企业财务管理的内容是不一样的。
连锁药店财务管理的主要内容：
资金管理
1．资金管理的原则
（1）总部统一使用与授权使用相结合的原则。连锁药店资金由总部统一筹措、集中管理、统一使用。店铺采用地产品、鲜活商品和其他保管期短的商品，经请示总部同意后或在总部授权的范围内可动用银行存款，否则不能动用银行存款；店铺存入银行的销货款，未经总部批准不得自动动用。
（2）总部统一控制费用的原则。连锁药店总部、店铺及其他部门的费用由总部统一核定、统一支付。部门、店铺的工资等日常费用的支出，由总部统一开支。店长有节约费用开支的责任，总部有审查费用使用情况的权力。
（3）统一登记注册、统一缴纳税款的原则。连锁药店应是享有独立法人资格的企业，总部和所属店铺在同一区域内的，有总部向税务及工商部门登记注册，统一缴纳增殖税、所得税及其他各种税赋，统一办理法人执照及营业执照，店铺只办理经营执照，国家对企业在税收上的优惠政策，也由税务部门直接对连锁总部。特殊情况下，总部和所属店铺不在同一区域内，店铺一般处于委托法人的地位，实行属地纳税。
（4）统一银行存款和贷款的原则。店铺在总部指定的银行办理户头、帐号，只存款不出款，店铺每日必须将销售货款全额存入指定银行，不得作支货款，同时，店铺应向总部报送销售日报具体体现，它的核心内容是发挥企业的规模效益，以低于社会的平均成本取得社会的平均利润。
2．资金管理办法
（1）提高资金的运营效率和效益，积极采取措施盘活资金存量，加快资金周转。财务部门要同信息、配送等部门密切合作，通过销售时点管理系统对企业的进、销、存实行单品管理，要从调整商品结构入手，分析哪些是畅销商品、平销商品、滞销商品，哪些是增殖库存和不良库存，加强财务对超市经营的指导、监督和制约作用。
（2）在财务管理上要积极引进现代化的预算管理制度、成本核算制度和投入产出分析制度，要加强投资决策和投资项目的经营管理，建立投资责任制，提高投资回报率。财务部门要同企划开发部门紧密合作，在确定建立店铺、配送中心、计算机系统的规模、投入等问题上要力求取得一致意见。使投资更加合理化、制度化、科学化。
（3）由于连锁企业在资金上采取统一与授权相结合的管理办法，在内部资金运转过程中要严格执行各项结算制度，同时，完善企业内部审计制度，形成有效的监督机制。
（4）树立勤俭办企
业的精神，开源节流，在店铺的装修、计算机设备的投入以及其他方面的投资上切忌相互攀比，华而不实，脱离实际。
