药店存在的问题主要是受当今的市场经济形势和药店运营方案决定的。以下的六点是北京百草堂医药连锁有限公司整理的药店存在的问题供准备开药店的人们参考，希望他们在经营的路上少走弯路。
1.经营同质化现象严重，价格竞争成为主要手段
价格竞争是同质竞争，每个市场主体都可以采用这一竞争手段。由于各零售药店专业人才缺乏、药店营业员职业素质普遍偏低等原因，很难为患者提供个性化服务，竞争主要体现在价格上，降价成了吸引顾客的主要手段，药店打折销售、特价销售、会员积分、返利、赠送礼品等促销手段屡见不鲜。药品价格大战不断压缩利润空间，使药店的赢利水平下降。由于微利经营，各药店之间难以形成差异化经营和独特优势，导致经营同质化现象严重。
2.注重模式,形式的连锁，忽视规范的连锁和基础建设
连锁药店具有规模效应、品牌效应、管理规范统一等优势，不少企业把大量的精力和资本投入到连锁店的开发上，但只注重连锁经营的规模和数量，对经营的规范化重视不够，且忽视内在的基础建设，导致管理成本上升。盲目扩张药店使经营管理力不从心，削弱了企业的整体实力。有的连锁药店在繁华地区每隔100米一个药店，增加了企业内部的竞争，削弱了连锁经营的整体利润。一些药店缺乏对加盟者相关条件的审查，准入门槛低，鱼龙混杂，造成加盟店的服务、管理等与直营店存在较大差距，使企业形象受到损害.
3.多元化经营效果不好
不少零售药店近年来开展了多元化经营，涉足了化妆品、日用品、健康用品等领域，但经营效果并不理想，不少项目长期陷于严重亏损之中，且在计划期内难以扭亏为盈。
4.经营不规范
部分药店存在着药品销售不规范的现象。如消费者未出具医师处方而销售处方药、违规销售近效期药品、允许消费者使用医保卡购买日化用品等。
5.缺乏专业人才
由于各种原因，我国从事药品零售的药学专业人员缺乏，药店从业人员的素质相对较低，药店的药学服务远远跟不上需要。药学服务作为药店的核心竞争力，其功能不能得到有效发挥。
6.经营中忽视患者利益
不少药店片面追求利润，不顾患者利益，推销与患者不适的药品，夸大保健品或药品的功能，避谈药品的副作用或注意事项等。
