自从药品流通行业实行后，药店就开始实行分级管理。
实际上，2007年9月，国家食品药品监管局就下发文件，要求吉林、江西、山东、湖南和陕西五省率先试点零售药店分级管理制度。按照该文件，药品零售企业被分为三个级别：一级药店规模最小，只能经营非处方药；二级药店稍大一些，可以经营非处方药、处方药、中药饮片，但是严禁经营麻醉类、放射性等禁止类药品以及蛋白同化制剂等限制类药品；三级药店营业面积则不得小于100平方米，而且必须配备驻店执业药师，经营范围除禁止类药品之外，其他药品都可以经营。
此后，五省各自出台了具体的执行办法，陆续进行了试点工作。据一家连锁药店的质量部负责人介绍，药店的分级管理从2008年开始推行，具体的评定标准是：位于城区的二级药店面积不得少于80平方米，三级须达到100平方米以上，二级以上（含二级）营业场所工作人员应佩带统一的胸卡。二级药店需配备1名执业药师，1名具有药师（含从业药师）技术职称的人员，三级药店至少配备1名执业药师，1名具有主管药师（含）以上技术职称的人员。
但是之前核发的《药品经营许可证》仅仅规定，营业场所的经营使用面积不得少于40平方米，所以当时很多门店的实际经营面积连80平方米的二级药店标准都达不到。“在这种情况下，如果‘一刀切’地限制这些药店的经营范围，无疑是不现实的。”一位业内人士说。所以，该市试点药店分级管理不得不先从城区新办药店入手。2009年，该市城区申办新开药店，达不到“2名执业药师、80平方米经营面积”标准的，一律不予受理。
为了达到指定的标准，药品零售企业在硬件改造方面付出了一定的成本。以吉林省长春市为例，分级以前，经营面积在80平方米以下的药品零售企业占92.2%，经营品种多的八九百种，少的只有三四百种；分级以后，连同2005年以来设定新标准审批的药品零售企业，经营面积达到80平方米以上的占64.6%，经营品种一般都在1300种以上。其中有58个200～1300平方米的药品超市，经营品种多的达到3000～4000种，少的也有2000多种。
与此同时，不同地区试点分级管理的标准也不尽相同。2007年年底，山东省开始在济南、莱芜、日照等三个地市试点。除面积外，还要求二级、三级药店“设置夜间售药窗口，保证24小时药品供应”。莱芜市一家零售药店的负责人表示：“很多时候药店一个晚上的销售额只有几十元，也有连续几晚无人光顾的时候。可坚持24小时营业，人员的加班费再加上水电费，每个月经营成本至少要增加几百元，甚至上千元。”
不过，百草堂大药店负责人表示，药店分级后，虽然一些小药店因经营范围受限，难免会流失一些消费者，导致利润降低，但大型药店因软、硬件设施较好，受到的影响并不大，反而由于分级后小规模药品零售企业逐步被淘汰，有利于促成规模化药品零售企业市场主导地位的形成。
