品种分类
传统的实验动物绝大多数是脊椎动物门的哺乳纲动物，较常用的有小鼠、大鼠、豚鼠、地鼠、兔、犬、猪、猴等，此外，鉴于东方田鼠、树鼩、雪貂等野生动物具有特殊的实验应用价值，近年来这些动物的实验动物化工作正在陆续开展。而线虫、果蝇、家蚕、斑马鱼、爪蟾等非哺乳纲的动物由于具有价格低廉、操作方便、特性明确等独特优势也逐渐被开发成为新兴实验动物。
遗传分类
我国实验动物国家标准GB 14925-2010规定，根据遗传特点的不同，实验动物分为近交系、封闭群、杂交群。
微生物学和寄生虫学等级分类
微生物学和寄生虫学等级分类我国实验动物国家标准 GB 14922.1-2001和GB 14922.2-2001规定，根据对实验动物体内外所携带微生物与寄生虫的控制要求不同，实验动物寄生虫学和微生物学等级分类均为：普通级动物、清洁动物、无特定病原体动物、无菌动物。
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