实际上，两种切片组化效果是不一样的，样本不同，要求也不同。
要求做冰冻切片的不一定能做石蜡切片；但是要求做石蜡切片的，可作冰冻切片。因为作石蜡切片时要高温烤片，可能会破坏组织的抗原性，如果组织的抗原性较稳定，则可作石蜡切片。
冰冻切片
优点：能够较好的保存组织的抗原免疫活性，做免疫组化时不需抗原修复这一步。
缺点：细胞内易形成冰晶而破坏细胞结构，可能会使抗原弥散；切片厚度较石蜡的厚，做的片子没石蜡的漂亮。
石蜡切片
优点：可以保持组织细胞的形态结构，且容易存放在室温，而冰冻切片比较麻烦，一定要存在 -80oC 的低温冰箱中，尤其是用来做原位杂交的切片，为了防止 RNA
降解，保存一贯很重要。由于石蜡切片可以切到 4 μm 左右，所以原位杂交探针容易渗透到组织中去，容易成功，而且得到的颜色/形态都较冰冻切片好。
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