自发性疾病动物模型与诱发性疾病动物模型各有其优缺点。事实上。很多疾病模型可用不同方式获得。如，已知有不少自发性肿瘤模型也可用各种致癌剂诱发产生肿瘤模型。值得注意的是，它们在发病机制和疾病内在特征方面存在着各自的特点：如，自发性肿瘤和诱发性肿瘤对药物的敏感性有明显区别。此外，大部分自发性动物模型是通过人为定向培育而成的，毕竟不同于人类自然发病情况，因此，自发和诱发模型所具有的优缺点只是相对的。对使用者来说，最重要的是所选择的模型究竟能否达到研究目的。因此，在模型的选用方面应考虑以下几点：
1．从与人类疾病的相似性出发进行选择 能够找到与人类疾病相同的动物自发性疾病模型当然最好。但自发性疾病动物模型多适用于遗传病、代谢病、免疫缺陷病、内分泌疾病和肿瘤等方面。如，原发性SHR高血压大鼠是研究人类原发性高血压的较为理想的模型，同样WHHL家兔是研究人类冠心病较为理想的模型。但是，与人类完全相同的动物自发性疾病模型毕竟不可多得，往往需要人工加以复制。如，骨折、烧伤、极端环境损伤等，只能用诱导方法创制模型。
2．从研究的适用性和可控性出发进行选择 特别是在临床药物评价和药物筛选的研究中，很多自发性疾病动物模型固然经济实惠，具有一定的可行性，但是一些自发性疾病动物模型因其种属的差异，在对药物的反应上与人体反应不一致，在发病机制与病程等方面存在明显差异，这样的模型不利于人类疾病的研究，因此，更适合选择诱导性、有针对性的创制模型。
3．从研究的可靠性角度出发进行选择 所选用的疾病动物模型应能够特异地、可靠地反映某种疾病或某种功能、代谢、结构变化，应具备该种疾病的主要症状和体征，经化验或X线照片、心电图、病理切片等证实。若易自发地出现某些相应病变的动物，就不应加以选用，易产生与复制疾病相混淆的疾病者也不宜选用。如，铅中毒可用大鼠做模型，但大鼠本身容易患动物地方性肺炎及肾丶病，后者容易与铅中毒所致的肾丶病相混淆，不易确定该肾丶病是铅中毒所致还是它本身的疾病所致，使用蒙古沙鼠就比较容易确定，因为一般只有铅中毒才会使它出现相应的肾丶病变。
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