单体药店因为经营者的自主意识占据主体，所以与连锁药店相比有一定的优势，比如：自主操控性强、实施新方案进度快等。但是单体药店也有它自身的劣势，这些劣势到底有哪些呢？
1、国家政策不利单体药店
（1）、药品零售的分类管理，处方药受限，"处方药须凭处方购买"、"精神类药品不可经营"等政策。使得很多药店的生意额下降最多达到1/3；
（2）、由于国家政策的导向，2006年以来，社区卫生服务机构不断扩大市场份额，连锁药店和单体药店均面临客户流失，尤其是医保类客户流失的难题；
（3）、国家医药行业十一五规划中又明确鼓励发展连锁，全国药店连锁化程度也在大幅度提高。
2、竞争因素不利于单体药店：
发展迅速的连锁药店正越来越像医药市场的"主力军"，严重冲击单体药店，连锁药店都是一条龙、一次性的向厂家订货，一次性把药放在自己连锁中销售，还有自己的贴牌产品，他们有了高利润，控制市场以大吃小，回过头来做服务，拿品牌药来开刀降价，大打价格战，宣传他们是零利润，使原来单体零售药店的大部分消费者纷纷转移购买地点。与此相比，单体药店无论是销售规模还是企业实力都与这些"主力军"相去甚远，只能在夹缝中生存。
另外，连锁药店有采购成本优势，可以总代理、可以要求厂家直供连锁，可以占压供应商资金，可以要求厂家提高力度协助其促销。另外连锁药店还具有管理优势，他们有定期培训机制，厂家也愿意协助其培训，这些都是社会单体药店不具备的。
3、单体药店自身的不足因素
①、是进货渠道单一。单体药店由于资金运转周期长、进货量少，不能吸引批发企业在销售策略方面给予倾斜，因而限制了货源的范围，购进质优价廉产品的余地不大。
②、是药价相对高。单体药店自主购进药品，因进货价格相对较高，加之实行独立的成本核算，经营成本相对高于连锁企业门店，使得药品零售价格偏高。
③、是市场信息欠灵通。单体药店通常是"单打独斗"，相互之间缺乏沟通，时常不能及时地获得市场信息，以致影响经营措施的及时有效调整。
④、是业务知识更新慢。单体药店人员少，且不能正常流动，接受的正规培训少。
⑤、是抵御风险能力差。单体药店是医药商海中名副其实的"独木舟"，独自承受来自各方面的压力，他们深感势单力薄、举步维艰，在与连锁企业和医疗机构的竞争中往往处于劣势，有的惨淡经营，有的被迫下马。
4、药品生产企业的冷眼相待。
因为资金实力小，销量小，经营场地小，大品牌的医药企业往往不愿意将单体药店作为主要终端，认为投入产出比不合理，既无人员支持，也无促销支持。这进一步将单体药店推向了尴尬的境地。
