连锁药店在发展中会遇到各种各样的问题，这些问题处理得当会使企业得到飞速的发展。但是首先需要认清的是在连锁药店发展中会遇到哪些问题。
（一）经济发展起步晚，连锁药店市场吸引力弱。
我国的经济实力虽有进步，但总体水平还很低，居民收入并不高，大部分地区未达到药店连锁经营的最低经济要求。消费需求较简单，消费那种伴随强劲消费需求的行业并不多见，其面临的分销问题不突出，而且此类需求的地区差异较大，在不同地区开展同类业务可能会面临许多问题。我国市场上的竞争激烈程度还远未达到西方的水平，存在着许多尚未满足的市场机会，新企业加入现在的市场的难度低，药店连锁经营的吸引力不强。
（二）连锁药店市场发育不完善，法律机制不健全。
我国的市场经济只经过了二十多年的发展，并不成熟。市场条块分割严重,地方保护主义盛行,致使生产要素在市场上的流动存在着各种障碍。企业的自主经营权常会受到行政行为的干涉。立法虽有很大改善，但不完备的地方还很多。执法力度不够，公民的法律意识淡薄，违法合同的情况时有发生。
（三）现代资讯工具普及程度低，加盟体系运作效率差。
条形码在我国使用比率不高，而且大多数是店内码，通行的原码不多。加盟总部和加盟店之间没有用计算机联网，大都靠电话传递信息,POS和EOS的运行率低，大都依靠人工操作。我国企业普遍缺少大规模的物流体系，交通运输，仓储等条件滞后。加盟店的存货量一般较多,这占用了大量资金，也降低了加盟体系的运作效率。总部和加盟店之间信息传递往往单向性，大都是总部从加盟店获得资料，而加盟店则很少从总部得到信息支持，削弱加盟店的竞争力和计划性。这也就是现在连锁药店"连而不锁"的原因。
（四）尚未形成独有品牌形象，连锁经营体系缺少核心力。
在西方国家，药店经营一般都是先建立品牌才发展连锁，而我国品牌战略刚起步，大部分企业仍未建立形象，即使有也不成熟。而企业仅靠一定的知名度和政府的优惠政策仓促上马，妄图以连锁带动品牌。其结果适得其反，将精力过多停留在连锁广告的宣传，忽略了药店品牌本身的建设。
（五）审核不严，连锁经营体系成分混乱。
连锁药店经营对加盟条件的审核是严格的，而我国的企业把连锁经营当成快速聚敛财富的工具，加盟总部没有详细的考察申请者的背景、能力，而加盟者也没有考察加盟总部的经验，方针等。双方快速签定合同，操作上的盲目性导致合作中时有摩擦。加盟店数量的增加,只带来连锁运营体系的负担，管理上的混乱，反而造成规模不经济。
